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1989年，继续执行1951年中央人民政府政务院发布的《国家预算决算暂行条例》。1992年，执行国务院发布的《国家预算管理条例》，编制复式预算。从1995年1月1日起，执行《中华人民共和国预算法》。
  一、预算编制
  1989年，全省各级财政部门按财政预算体制的规定编制预算。预算编制时间为年度开始前。全省预算由省财政厅编制，经省政府批准后，提请省人大审查批准。2月，省财政厅转发财政部《城市维护建设资金预算管理办法》，城市维护建设资金的收支实行专项预算管理。地方各级财政部门按照国家有关法律、法规、规章的规定，负责城市维护建设资金的筹集、分配和监督管理。地方城市建设、环境保护、教育等主管部门负责制订城市建设资金的使用计划，纳入年度地方事业单位预算和部门的预算外资金计划，并组织实施。城市维护建设资金的年度专项预算，由各级财政部门编制，报同级政府批准后下达年度预算支出指标。
  1990年2月，执行中央财政对地方集中财力的决定，经省委、省政府原则同意《省财政对地市县集中财力的管理办法》，以1988年实有财力为依据，凡上缴的县、市按5％计算进行集中，除贫困县以外的补贴县按2％计算进行集中。7月，执行财政部《关于教育费附加纳入预算后有关预算管理问题的通知》。规定教育费附加的收入和支出纳入预算后，应按“先收后支，列收列支，收支平衡”的原则进行管理和使用。8月，执行财政部《关于国营城市建设综合开发企业纳入国家预算管理有关问题的通知》。从当年10月起，将开发企业纳入国家预算管理，照章缴纳国营企业所得税。10月29日，财政部发出《关于1990年地方财政向中央财政作贡献的通知》，核定福建省1990年向中央财政作贡献的财力为2000万元。
  1991年，省财政厅编制《福建省财政“八五”计划和十年规划要点》，确定全省20世纪90年代财政工作的指导思想、奋斗目标、基本任务和应采取的政策措施。预算编制工作的指导思想是以经济建设为中心，解放思想，加快改革开放步伐，协调发展经济和各项事业，预算安排主要是支持农业、科技、教育、重点建设、企业技改、卫生、计划生育等事业发展，改善职工生活，增收节支，提高经济效益，继续实现财政收支基本平衡。10月，执行国务院发布的《国家预算管理条例》，实行复式预算。
  从1992年开始，全省的财政预算分为经常性预算和建设性预算两部分。经常性预算收入包括除城市维护建设税、固定资产投资方向调节税和耕地占用税以外的其他各项税收，非生产性企业亏损补贴（商业、粮食、外贸企业亏损补贴）及其他收入等；经常性预算支出包括非生产性基本建设支出、事业发展支出（文化教育科学卫生事业费、农林水气象部门事业费等）、国家政权建设支出（行政管理费、国防支出等）和政策性补贴支出等。建设性预算收入包括经常性预算结余、专项建设性收入（城市维护建设税、固定资产投资方向调节税、耕地占用税、征收排污和城市水资源费收入、国有土地使用权有偿出让收入等）、生产性企业亏损补贴（工业、农林、水产、气象等企业亏损补贴）；建设性预算支出包括生产性基本建设支出、企业挖潜改造和新产品试制费、地质勘探费、支援农业生产支出和支援经济不发达地区的发展资金等。
  1993年1月，省财政厅发布《关于进一步完善省财政预算收支管理的办法》，规范预算收支建议指标的编制与管理程序。11月，省政府发出《关于建立省级偿债风险基金的通知》，省级偿债风险基金的来源包括省级大公司上缴省财政的收入、省财政对境外企业实行承包经营责任制收入的50％、省财政直接投入资金支持发展第三产业所分得收入的50％、省财政年度预算执行有结余部分的50％、省级财政在年度预算中安排一定数额的资金，具体数额视财政情况，一年一定。11月21曰，财政部发出《关于厦门市财政计划单列有关问题的通知》，从1994年起，将属于厦门市的各项财政收支从福建省划出，在国家预算中实行计划单列，由厦门市直接承担国家下达的各项财政收支计划任务，并直接与财政部进行收支结算。是年，本着“大稳定小调整”的原则，省财政厅提出改进财政预算管理体制的方案报经省委、省政府同意后，确定省对地市自当年起执行新一轮的财政体制。
  1995年1月，执行《中华人民共和国预算法》。全省预算部门协调税务部门，测算税种转换口径，做好对账基础工作，弄清财政基数。测算中央下划与地方上下划的有关数据，提供全省分税制财政体制实施后的财力状况，研究提出省对各地市县的分税制财政体制的多种可供选择方案，由省政府发文件确定省对地市县的分税制财政体制，结合全省实际情况，测算核定省对各地、市、县（区）的财政基数，在此基础上编制财政预算。7月，对支援经济不发达地区发展资金、城市维护建设资金、边境建设事业补助费、预算扶贫基金、新增发展资金、温饱基金等地方预算专项资金管理制定使用规划，突出重点，做到长计划，短安排，规范资金投向，加强管理，提高资金使用效益。11月，执行国务院发布的《中华人民共和国预算法实施条例》和《中央预算执行情况审计监督办法》。
  1996年1月，将养路费、车辆购置附加费、铁路建设基金、电力建设基金、三峡工程建设基金、新菜地开发基金、公路建设基金、民航基础设施建设基金、农村教育事业费附加、邮电附加、港口建设费、市话初装基金、民航机场管理建设费等13项数额较大的政府性基金（收费）纳入财政预算管理。基金（收费）收入按现行体制上缴金库，支出由主管部门提出计划，财政部门按规定拨付，实行“收支两条线”管理。13项基金（收费）不计入经常性财政收入，收支在预算上单独编列。9月，省财政厅颁发《省对地市县过渡期转移支付办法》，过渡期转移支付按照“财力”加“收入努力不足额”低于“最低标准支出”的差距作为确定一般财力转移支付补助的基础。对于历年遗留滚存赤字问题按地市县消除“老赤字”数，作为省与地（市）配套“扭赤”专项转移支付补助的基础。
  1997年3月，省财政厅发出《关于加强省级财政预算管理的通知》，要求省直部门、单位预算按“零基预算”编制。行政、事业单位各项收入全部纳入单位预算，统一核算，统一管理。有预算外收入的单位实行核对收支、定额或定项补助、超支不补、结余留用的预算管理办法，少数非财政补助收入大于支出较多的事业单位，实行收入上缴办法。12月，省政府办公厅批准省财政厅制定的《关于省级财政支出审批若干规定》，明确在年度预算执行中超收财力追加支出、动用预备费和省长专项基金、上年结转结余安排和动用历年净结余的审批程序。
  1998年8月，省财政厅颁发《省财政厅省级支出内部管理若干暂行规定》，规范支出管理和审批权限。对行政事业单位财政资金分配，推行“零基预算”和人员经费与公用经费分户管理办法。
  1999年，预算编制调整财政支出结构，逐步退出竞争性和经营性投资领域，向公共财政方向发展。推进事业单位机构改革，削减对事业单位的财政补贴，除教育机构等极少数单位外，原则上每年减少财政补贴1/3，三年实现自负盈亏。保证国有企业下岗职工基本生活费，仍采取“三三制”的办法解决，即财政预算安排、企业负担、社会统筹各1/3。财政承担部分，中央企业由中央财政解决，地方企业由地方财政解决。10月份，省政府批转省财政厅《关于改革省级支出预算编制方法的意见的通知》，提前并延长预算编制时间，实行预算内外收支统管，推行综合零基预算，定员定额管理，细化预算项目，提高预算的到位率。试行部门预算编制方法，建立预算草案编制评审制度。清理专项资金，实行专项支出权责制预算，合理界定事业单位财政供给范围，推进政府采购制度，开展集中支付试点，强化监管，建立支出效果考核等制度。
  2000年，全省组织10个单位进行部门预算试编，实行预算编审分离，细化预算编制的内容。编制部门预算做到“一个部门一本预算”，具体包括四个方面的内容：部门预算的编制主体是部门，部门对编报的部门预算负责；部门所有收支，包括部门取得的一般预算拨款收入、预算外资金收入、政府性基金预算收入、其他收入等从不同来源取得的各类收入，以及相应安排的基本支出、项目支出等各项支出，都要编入部门预算，体现综合预算的原则；部门本级及其所有下属单位，包括各个级次的行政、事业单位的收支都要编入部门预算，单独反映；部门本级及其下属单位所有收支要按照有关政策规定，细化到具体的预算项目和相应的政府收支分类科目。
  2001年，省政府决定对省直130个单位推行编制部门预算。部门预算从所属基层单位编起，反映人员支出、公用支出、项目支出的详细情况，预算科目细化到类、款、目，项目支出细化到具体事项。单位编制预算实行“零基预算”，即：不以以前年度既成的支出范围、支出水平和实际执行结果为依据，而是根据预算年度事业发展的实际需要和财力状况，一切从“零”开始。人员经费按编制内实有人数和规定的支出范围标准编制；公用经费按从紧、节约的原则由财政厅按不同类别标准统一编制；专项支出按照项目的轻重缓急顺序安排。预算编制时间提前到每年的7月份，各部门编制预算后报送省财政厅审核，从9月份开始，省财政厅审核、汇总部门预算编制省级预算草案；省财政厅成立预算编制论证小组，对预算收入的可行性和预算支出的合理性、规范性进行评估论证。预算草案报送省政府前，邀请人大、政协、监察、审计、重点支出部门以及专家学者征求意见。推行部门预算的配套措施主要包括：推行政府采购制度，推行工资性支出和政府采购项目由国库集中支付办法试点。强化预算约束，省级预算经省人大批准后，除救灾、抢险、维护社会稳定等急需追加用款从总预备费中解决外，其他部门和单位需要增加经费支出的，从部门年度预算中调剂解决，调剂解决确有困难的，纳入下一年度预算统筹考虑。将事业单位按其服务性质划分为公益性、准公益性（公益和经营兼有型）、经营性三类。公益性由财政供给，准公益性按其公益性所占比例给予补助并逐步减少资助额，经营性要与财政供给脱钩，走向市场。对一般专项资金进行清理，凡工作任务已完成的专项要取消；按现行的事权划分范围，凡不应由省级负担的对下专项补助要清理取消，一时难取消的，要在2～3年内逐步取消。上述配套改革和措施都得到执行，其中清理专项资金一项，当年就统筹资金4亿多元。
  2002年1月，省政府提出集中财力办大事的理财思路。要求全省各级财政预算安排集中财力办关系经济发展大局和人民群众切身利益的大事。2月，省财政厅印发《关于规范财政管理，严肃财政工作纪律的暂行规定》，其中对预算编制、责任追究等作出具体规定。9月，省政府发布《福建省省级部门预算编制试行办法》。主要内容：编制预算按照综合财政预算要求，规范各部门支出经费资金来源及安排顺序，年度预算执行中预算外收入的超收，除新增工（成）本性支出和教育院校因招生计划变更增加学杂费收入外，不再追加新的支出，余额转入省级偿债基金专户，执行中的减收，各部门相应调减支出。农业、教育、科技、卫生、计生等事业费在具体支出项目上同样实行“零基预算法”；按照细化预算要求，除经批准预留的待分配资金外，年初没有细化的项目不安排支出预算；对政府采购目录内的采购商品或劳务，必须在部门预算中逐项编列；清理、压缩或取消历年来分散在各部门用于二次分配的零散“老专项”；对各类相近的专项资金实行联席审议、集中审批、捆绑使用的办法，保证资金集中投向重点项目；有关各项涉农资金补助，与农村税费改革结合起来，体现政策取向；规范对下专项资金分配，推行因素分配法（即分配专项资金时采用相关因素测算分配额）和实行专项转移支付补助（即只规定使用范围，由市县在规定范围内根据当地实际情况安排具体项目）。是年，全省各级财政部门继续按照公共财政要求，加速退出非公共领域的财政投入，对一般生产、流通领域的财政补助补贴进行清理，对企业经营中的一般性补助补贴除政策性规定外，原则上不再安排。对应走向或有条件走向市场的事业单位逐户甄别，继续削减直至停止预算拨款。
  2003年，部门支出预算分为基本支出预算和项目支出预算两部分。对行政事业单位为保障机构基本运转、完成日常工作任务而安排的支出，编入基本支出预算。基本支出预算主要采取定员定额的方法，分人员经费、公用经费和项目经费三类编制。人员经费的编制，主要涉及公职人员的工薪支出、离退休人员支出和对家庭及个人生活补助支出；人员经费根据不同的支出依据和支出标准编制。公用经费的编制，主要涉及机关事业单位正常运行所需的办公用品费、交通邮电费、学习培训费、物业维持费等；根据不同类型预算单位的具体情况，采用科学规范的分类方法，分档制定定额标准；建立预算单位基础信息库，掌握预算单位人员、资产等基本情况，提高基本支出预算编制质量。项目经费的编制，主要涉及法定、政策性和决策机关确定的一次性事业发展和行政计划经费对行政事业单位为实现特定的行政工作或事业发展目标而安排的支出，编人项目支出预算；项目支出预算根据国家有关方针政策和部门行政工作任务、事业发展目标，结合财力状况，分轻重缓急，合理安排；坚持集中财力办大事的原则，优先安排政府确定的重点项目、符合国民经济和社会发展计划、符合国家财政宏观调控和产业政策的项目，保障政府施政目标的实现和部门履行职能的需要；编制规范的项目支出预算，实行项目滚动管理。部门支出预算编制坚持综合预算的原则，统筹各类资金，兼顾单位支出需求和财力可能，量力而行，量入为出；逐步采用按具体因素逐项核定支出的方法，消除不合理的“财政支出基数”，按照“一要吃饭、二要建设”方针，优先确保基本支出，合理安排项目支出，保障部门履行职能和事业发展的需要。
  2004年，省财政预算管理重点是出口退税机制改革，对出口退税超基数部分采取“省级承担、分级退库、年终清算”的办法。支持重点项目建设，省级财政预算统筹各类政府性资金，重点支持“年万里”农村路网工程、水利“六千”工程、温州至福州铁路、北京至福州高速公路、漳州至龙岩高速公路等重点基础设施项目建设；支持全省中心城市规划、供水和污水垃圾处理设施建设；扶持重点工业园区，培植经济新增长点；支持全省清理整顿开发区工作，发挥省开发区奖励补助资金的杠杆作用，支持开发区招商引资。统筹企业挖潜改造、产学研、高新技术风险和科技型中小企业创新等资金，支持电子信息、机械装备、石油化工三大主导产业，加快炼化一体化、东南汽车二期以及软件开发等重点产业项目建设。支持“三农”发展，贯彻“多予、少取、放活”的支农工作方针，持续加大支农力度。落实中央和省出台的工资政策。做好机关事业单位工资发放工作，完善农村中小学教师工资上收县管制度，确保教师工资按时足额发放。建立工资性收入的同城待遇、属地政策。贯彻科教兴省战略，支持省定重点高校建设、福州地区大学新区建设、改造中小学D级危房、基础学科和科技攻关、科技成果转化和科研院所转制。支持建立公共卫生应急处理长效机制，建设疾病预防控制体系。支持社区与农村文化馆（站）、博物馆、图书馆建设。
  2005年，部门预算覆盖省直一级预算部门141个、二级预算单位793个，设区市也全部实施部门预算。省级重点建设项目资金的国库直接支付面达70％，对省级117个重点项目资金实施“在线监控”。组织“十一五”财政规划编制工作，坚持集中财力办大事。加大转移支付力度，支持办好惠民实事，调整优化财政支出结构，确保新增财力分配向困难地区、弱势群体倾斜，向“三农”、教育、卫生、社保倾斜，集中财力支持基础设施建设，尤其是向农村的基础设施给予倾斜。为提高预算编制质量，省财政厅建立绩效评价制度，选择部分支出项目开展项目绩效预算试点，并在试点的基础上逐步推广。7月1日开始施行《福建省财政监督条例》，县级以上地方人民政府财政部门依法对预算编制、批复、执行、调整和决策情况进行监督，预算部门依照财务隶属关系对所属预算单位的财务收支情况实施监督。
  二、预算执行
  1989年4月，省财政厅转发财政部《关于开征“国家预算调节基金”有关预算管理的规定》，属于地方单位缴纳的调节基金，50％上缴中央财政，50％留归地方财政。留归地方财政的部分，省财政厅规定：属于省级单位缴纳的调节基金，全部归省级财政，属于地市县单位缴纳的调节基金，50％上缴省级财政，50％留归地市县财政。缴库方式，地方单位缴纳的调节基金，地方单位缴纳时，全额就地上缴省级国库，地、县分支国库不办理分成，由国库省分库和省财政厅按规定的比例一次办理中央与地方的“五五分成”，地市县分成部分由省财政通过年终决算返还。
  1990年9月，省财政厅发出《关于教育费附加纳入预算后有关预算管理问题的通知》，规定教育费附加的收入和支出纳入预算后，应按“先收后支，列收列支，收支平衡”的原则进行管理和使用。各级财政部门年初应按收支相等的数额编列预算。在预算执行中，应按照收入情况安排支出，按月拨付同级教育部门，并按照收入的入库数和支出的拨款数在月报中反映，逐级汇总上报；年度执行中收入大于支出的余额应全部拨给教育部门。
  1992年12月，执行财政部规定，教育费附加纳入预算后，按“先收后支，专款专用，结余结转”的原则进行管理和使用，各级财政部门年初按收支相等的数额编列预算。在预算执行中，按照实际收入安排支出，并按照收入的入库数和用款单位的银行支出数在月报中反映，逐级汇总上报。年终决算时，按教育部门汇总的银行支出数，编人地方各级财政总决算。年度执行中，收入大于支出的余额专项结转下年度使用。
  1993年1月，省财政厅颁发《关于进一步完善省财政预算收支管理的办法》，预算执行中，建立省级各类资金使用情况月报制度，反馈预算执行动态，适时提出增收节支对策措施。
  1994年，省财政厅抓住预算执行中的难点和热点问题，加强调研、检查、分析，反馈预算执行动态，提出解决办法。主要有：针对1994年中央增值税、消费税（以下简称“两税”）完成进度不理想和一些企业欠税现象，多次协调省国家税务局（以下简称国税）、省地方税务局（以下简称地税）、人民银行省分行等部门，研究提出对策措施，并深入基层县市促产增收，确保中央对福建省的“两税”返还。针对有的地市平衡难度大的问题，分别下达结余指标、控制支出指标及平衡要求，使各地在财力减少、工资改革增支压力大的情况下得以渡过难关。鼓励各地增收保平衡的积极性，分类下达具体的奖励办法，鼓励各地增收。
  1995年，省财政厅加强对预算执行的检查、分析和监督，掌握分析各地收入进度，反馈新问题并提出解决办法。研究测算奋斗目标和追加任务分配方案，做到“旬保月、月保季、季保年”。改革行政事业经费管理办法，实行正常经费与专项经费分户管理。正常经费用于人员和机关运转必要的开支，不得用于专款支出，专项经费根据财力可能适当安排。加快公费医疗、会议费、电话费等改革步伐，抑制过快增长势头。加大财政扶贫“扭赤”力度，从资金、政策上鼓励赤字县实现当年收支平衡，消除滚存赤字。
  1996年8月，省财政厅、中国人民银行福建省分行发布《福建省地方预算收入退库管理办法》。预算收入的退库，按照预算收入的级次办理。中央预算收入的退库，从中央国库款中退付。地方预算收入的退库，按照级次，从同级国库库款中退付。中央与地方共享收入的退库，按入库比例分别从中央国库和地方各级国库库款中退付。
  1997年5月，省财政厅发出《关于建立预算执行情况专题分析制度的通知》，要求各地市每月8日前报送专题收入分析和预算执行中涉及影响财政收支的重大政策、措施或办法，尤其是重大的财政增减收支因素等。针对“双过半”（年度时间过半、预算收入指标完成过半）之后，全省财政收入连续三个月回落，地市收入进度不平衡问题，按国税、地税、农税等征收部门分解收入超收目标；省财政厅先后多次发出抓收入、促进度、保平衡的通知并召开预算执行分析会；组织人员赴收入滞后的地市，共同分析收入滞后的原因，解决收入上存在的问题；抓好省本级收入的组织入库工作，落实省级收入超收目标。12月，省政府办公厅批准省财政厅制定的《关于省级财政支出审批若干规定》，规范年度预算、预算执行中超收财力追加支出、动用预备费和省长专项基金、上年结转结余安排和动用历年净结余的审批程序。规定省级财政机动财力等调剂安排的审批权限：单项100万元以内（含100万元）的项目支出，由省财政厅审批（省财政厅内部具体审批程序和审批权限，由财政厅另行规定），省财政厅年度审批总额一般应控制在上述资金总额的15％以内，如确实需要超过15％的，应报省政府审核批准。省财政厅审批的上述支出按季度报省政府办公厅财金处备案；单项超过100万元的项目支出，由省财政厅提出安排意见，报分管财政的副省长审核，省长或省长办公会议审批；对所有省领导有关资金问题的批示件，均按上述程序和权限办理后，凡省财政厅审批的支出，办理结果由省财政厅向有关省领导反馈，凡省政府审批的支出，办理结果由省政府办公厅向有关省领导反馈。
  1998年8月，省财政厅发布《省财政厅省级支出内部管理若干暂行规定》，明确支出管理和审批权限。省财政厅各处款项调整、待分配指标和节余指标的调整安排支出。单项100万元以内（含100万元）的项目支出，按以下权限审批：单项30万元以内（含30万元）的项目支出，由业务处提出意见，报分管副厅长审批；单项30万～100万元的项目支出，由业务处提出意见，报分管副厅长审核，厅长或厅长办公会议审批；各业务处每季应将上述安排的支出情况报分管副厅长，并抄送预算处，预算处每季将上述安排的支出情况报厅长。
  2000年，推进支出管理配套改革，硬化预算约束，加强财政资金监管。预算执行中，除救灾、抢险、维护社会稳定等急需追加用款从总预备费中解决外，其他部门和单位需要增加经费支出的，从部门年度预算中调剂解决，调剂解决确有困难的，纳入下一年度预算统筹考虑。建立预算执行结果考核和专项资金使用效果评价报告制度，推行财政国库集中收付管理制度改革，试行工资性支出和政府采购项目由国库集中支付的管理办法。建立和完善以国库单一账户体系为基础、资金缴拨以国库集中收付为主要形式的现代国库管理制度，规范收支缴拨程序，确保财政性资金流量流向的全过程都在国库单一账户体系内反映和监督。
  2001年1月，全省财政工作会议提出：“要争取做到全省各级党政群机关、学校以及县级以上全额拨款的行政事业单位基本实行国库统一支付工资工作。”当年组织4期省直部门财政业务培训，召开全省国库统付工资管理工作座谈会，完善全省统一使用的国库统付工资管理软件系统，建立全省国库统付工资情况月报制度。年底，全省县级以上党政群机关、中小学校实行国库统一支付工资面平均达到70％以上，其中地市级以上党政机关一级单位已基本实行国库统一支付工资，部分市县实行国库统一支付工资面已达100％。11月20日，执行财政部《财政国库管理制度改革试点方案》，并结合实际提出改革试点工作方案，以省政府名义印发《福建省人民政府关于转发财政国库管理制度改革有关文件的通知》，要求各级适时推行国库集中收付管理制度改革试点，相继出台财政国库集中支付相关管理办法。
  从2002年1月1日起，公安、法院、工商、环保、计划生育等执法部门按规定收取的所有预算外收入（不含所属院校的收费）全部纳入预算，上缴同级财政国库，支出根据部门需要按部门预算有关规定核定。6月，执行省人大常委会《关于加强预算审查监督工作的决定》，预算变更中的预算调整、超预算收入的追加支出要报经人大常委会审查批准，其他预算变更行为需要报告或者报备。从9月1日起，省本级对水利、科技、财政厅三个部门及所属86个基层预算单位的所有财政性（含预算内、外）资金实行国库集中支付，即：预算安排给这三个试点部门的所有财政性资金，不再拨人预算单位开设的银行账户，也不再通过财政开设的政府采购、基建、支农、水利等专项资金账户转拨，在实际支出时，通过财政直接支付或财政授权预算单位支付，由代理银行将资金从国库直接支付到商品、劳务供应者或最终收款人的账户。
  2003年12月，执行财政部《地方财政实施财政国库管理制度改革年终预算结余资金会计处理的暂行规定》，在地方总预算会计核算中引入权责发生制要素，解决国库集中支付改革以来保留在国库中的应付而未支用资金的管理和会计处理问题。针对代理银行服务费和国库支付凭证管理问题，省财政厅制定有关代理服务费的支付标准，解决代理服务费问题，调动代理银行配合改革的积极性。印发有关管理规定和办法，规范资金支付清算、财务核对、账户使用及管理、信息反馈等。
  2004年，省本级、三明市、泉州市对水利、科技、财政三个部门及所属基层预算单位的所有财政性（含预算内、外）资金实行财政集中支付。贯彻财政部关于会计集中核算向国库集中收付管理制度转轨的要求，完善国库集中支付系统软件功能，在全省范围内推广采用新版“财政国库统一支付工资管理系统”软件，扩大全省国库统付工资覆盖面。做好省级国库统付工资的月审工作，发现问题，提出解决办法，确保按时、准确兑付工资。做好国库资金存款利息的解缴工作，完善非税收人收缴管理系统及办法。扩大收入收缴管理对象，通过软件升级实现对所有非税收人的收缴管理。结合全省“金财工程”建设进度和代收银行内部联网现状，改革系统管理架构，给执收单位和缴费人提供多样化选择，借助银行网络和软件的升级，达到方便的管理效果。
  2005年，全省国库集中收付管理制度改革在人民银行、纪检监察、预算单位和代理银行等有关部门的支持、协作下，得到完善。在总结省水利厅、科技厅、财政厅3个省直部门国库集中收付改革试点经验基础上，当年新增60个省直试点部门。扩大专项资金财政直接支付范围，将省级管理重点建设项目资金实行财政直接支付到项目或出资人单位，直接支付面达70％。设区市改革范围继续扩大，厦门市推进到50个市直部门，三明市推进到23个市直部门，莆田市和漳州市制订改革方案并组织实施，南平市、龙岩市的会计集中核算向国库集中收付转轨。建立国库单一账户体系，将参加改革的有关部门的预算内外资金、政府性基金全部纳入国库单一账户体系管理。构建软硬件管理系统，与预算单位、人民银行、代理银行联合，实现国库集中支付全过程网络化管理。将代理银行由1家增至4家，方便预算单位用款。使用新版国库集中支付软件，并做好旧版软件向新版软件的过渡工作。
  三、决算编制
  从1989年起，省财政厅每年下达决算编审通知，规定上下级财政结算办法主要分为：财政体制结算、资金结算和增收分成计算三部分。财政决算分为企业、事业、行政和建设单位财务决算。按照财政部规定，年度财政决算不设清理期，收入以当年12月31日止缴人基层国库经收处的数额为准；基本建设支出决算应以实际发生数列支，结余部分结转下年，不得在当年决算中列支；事业行政财务决算，按单位当年12月31日止从银行支取的数额列报“银行支出数”，以单位实际报销数列报“实际支出数”，不得以拨作支，以领代报，虚增财政决算支出。各地市县财政总决算和乡镇财政总决算，均按省财政厅印发的统一表格编制，并附决算说明书和电子计算机软盘。地市汇总财政总决算和乡镇财政总决算于次年2月23日前派专人报送省财政厅。省财政厅总决算于年度终了后3个月内上报财政部。
  1990年11月，执行财政部《关于1990年国家财政决算编审工作的通知》。全省年度财政决算分两部分：财政收支决算部分，包括财政收支决算总表、最后调整的收入预算情况表、最后调整的支出预算情况表、财政支出决算明细表、支出预算结余结转下年度使用情况表、财政收支决算分级表、地（市）县级财政收支决算平衡表、财政决算年终资金活动情况表、各部门基本数字表；附表部分包括城市维护和建设资金收支决算表、支援经济不发达地区发展资金使用情况表，税收、财务、物价大检查收入入库统计表，预算会计人员基本情况统计表。
  1991年10月，执行国务院发布的《国家预算管理条例》。凡是编制预算的地区、部门和单位都要编制决算。地方各级总决算由本级政府决算和汇总的下一级总决算组成。是年，全省财政收支决算部分增加地方财政部门预算外资金收支决算表，附表部分增加地方财政信用资金活动情况表。
  1993年，全省地方财政总决算表附表部分增加财政有偿使用资金情况表。
  1995年1月，执行《中华人民共和国预算法》和《中华人民共和国审计法》，规范决算制度和预算执行审计制度。规定在每一预算年度终了后，各级政府、各部门、各单位按照国务院规定的时间编制决算草案。决算的审批改为本级人大常委会，决算案审批的内容由原先批准包括本级和下级的总决算改为只批准本级政府的决算。决算程序增加本级政府各部门预算执行情况要经过本级审计机关的“同级审”制度，以及各级人大常委会听取“同级审”工作报告的环节。是年，全省财政收支决算部分增加财政收支杂项明细表，反映财务检查收入、审计收入、土地收人、公粮差价收入、种子经营收入、行政事业单位上缴收入等23项杂项收入和杂项支出明细情况。附表部分调整为以下内容：财政部门预算外资金决算表、各部门基本数字表、城市维护和建设资金收支决算表、支援经济不发达地区发展资金使用情况表、财政信用基金各部门分级表（之一）、财政信用资金活动情况表（之二）、财政信用资金活动情况分级表（之三）、救灾经费支出决算表、地（市）县主要经济指标情况表。是年，全省县级以上地方政府财政部门根据财政部的部署，编制本级政府各部门和下级政府决算草案。地方财政总决算附表部分的财政信用基金各部门分级表，修改为财政周转金各部门分级表。
  1996年，将地方财政总决算财政收支决算中最后调整的收入预算情况表、最后调整的支出预算情况表改为收入预算变动情况表和支出预算变动情况表。附表部分不再编制财政周转金等各项列表。
  1997年3月，省财政厅发出《关于加强省级财政预算管理的通知》，成立由财政厅领导任组长、预算处牵头、各业务处参加的决算编审工作小组，协调决算中的具体问题。当年，福建省地方财政总决算中财政收支决算部分修订为：财政一般预算收支决算总表、财政一般预算收入预算变动情况表、财政一般预算支出预算变动情况表、财政一般预算收入决算明细表、财政一般预算支出决算明细表、财政一般预算其他杂项收支决算明细表、财政一般预算收支决算分级表、地（市）县级财政一般预算收支决算表、地（市）县级财政一般预算平衡情况表、财政一般预算支出预算结余结转下年使用情况表、财政决算年终资金活动情况表、财政基金预算收支决算总表、财政基金预算收支决算明细表。
  从1998年起，每年全国决算工作会议后，省财政厅决算编审工作小组都召开一次会议，根据财政部的部署，研究编制省级决算和下级政府决算的编制原则、要求、方法、报送期限以及财政厅内各处有关决算事宜。省财政厅厅长每年向省人大和人大常委会报告预算执行情况和本级决算，省人大常委会依法组织审查和审议，并按时批准省本级决算。各地市县财政决算编审工作方法参照省级做法。是年，福建省地方财政总决算财政收支决算部分增加财政决算年终资产负债表、财政基金预算收入预算变动情况表、财政基金预算支出预算变动情况表。附表部分增加国债转贷资金使用情况表。
  1999年，全省地方财政总决算增加财政基金预算收支决算分级表、县级财政基金预算收支及平衡表。附表部分修订为：各部门基本数字表（行政部分）、各部门基本数字表（事业部分）、城市维护和建设资金收支决算表、救灾经费支出决算表、地（市）县主要经济指标情况表、增发国债资金使用情况表、乡镇财政基本情况表、省本级提高行政事业工资情况表、地（市）级提高行政事业工资情况表、县级提高行政事业工资情况表、省本级行政事业工资情况表、地（市）级行政事业工资情况表、县级行政事业工资情况表。
  2002年，财政决算分为预算内、预算外和部门三套决算。成立决算领导小组和工作小组，为做好决算工作提供组织保障；财政、税务、金库等部门之间定期核对报表，制定决算评比办法，综合考评各地财政决算工作和日常旬月报、工资月报编制和预算执行分析质量，表彰年度决算编审工作和预算执行分析先进单位。
  2003年，全省财政部门和各有关预算单位把财政决算工作列入重要工作议程。在整个决算编审过程中，单位主管领导经常过问、了解编审进度，并帮助协调解决编审工作中存在的困难和问题；将省决算会议精神及决算编审口径和要求传达到各基层单位，明确岗位职责，做到责任到人、相互协作。各级在决算编审工作实施前，做好收支数字的核对和年度财政往来款项清理工作，加强与各有关业务科、处室和行政事业单位及上下级财政的联系，核对年度预算数、专款的追加追减数以及补助、上解、缴拨款等有关数据；组织收支对账工作，与国税、地税、国库等有关部门及时对账签证，办理结算事项签证工作；清理年度财政往来款项，对暂存暂付款进行清理核实；各项决算收入数与国库及有关部门征收机关数字一致、支出数与各预算单位汇总报表数一致、上下年度决算挂钩数一致，保证决算质量。总结分析财政决算编审过程存在的问题。针对三套报表中有的填报内容相互交叉重复，相关内容存在填报口径及填报项目不一的问题，省财政厅通过调研，专题向财政部反映，建议对三套决算进行整合，改进行政事业单位决算报表，形成部门决算报表体系。这些建议得到了财政部有关部门的重视和采纳。
  2004年，完善和改进决算报表。针对预算外资金收支决算报表和部门决算中有交叉重复列报的现象，全省财政部门不再单独编报预算外收支决算。依据原预算外的报表属性改进决算报表，主要内容是：将反映财政专户预算外收支数的报表并入财政总决算，将大口径的预算外收支决算并入部门决算。对原行政事业单位决算报表体系进行增删、简化、合并和改进行政事业类收支通过行政事业类报表反映，基本建设类拨款与支出通过基本建设类报表反映，两类报表反映的收支通过部门收入支出决算总表进行合并，将由各级财政部门报送的反映财政的收支、资产负债、预算变动情况的报表调整为纳入财政总决算；按照两套报表各自的职能定位，凡反映财政收支、资产负债、预算变动情况的报表都归于财政总决算，由财政部门统一编报，凡反映单位财务收支、资产负债、人员机构等情况的报表都归并于部门决算；按照部门决算与财政总决算的分工，对基本数字表进行重新设计，人员分类采用部门预算的分类方法，并在按预算科目填报的基础上，增加按部门反映的报表；财政性住房资金收支决算、农业财政支出预算调整和结转情况表、农业和农村经济补充资料表调整纳入总决算报表体系，不再包含在部门决算中等；清理往来款项，提高决算编审质量和分析水平。关注宏观经济运行态势，选择生产总值、工业增加值、进出口总额、固定资产投资额、社会商品零售总额、消费价格指数、用电量、企业库存等比较有代表性的指标，制定综合性较强的宏观经济分析指标体系，收集有关资料，把握国内外、省内外、区内外的经济运行情况。开展调查研究，加强日常分析和专题性分析，提出对策建议。学习借鉴兄弟省市和国外预决算执行报告和决算分析方法，开展综合实证分析和规范研究。定期举办决算分析人员培训，邀请科研单位、高校、政府机构等部门专家作专题讲座，熟悉常用的统计分析软件使用方法。
  2005年，地方部门决算编制范围包括：列入年度财政预算编制范围的行政事业单位、企业和企业集团。具体包括各级党政机关、事业单位和社会团体，纳入预算编制范围的企业和企业集团，以及与财政部门直接发生缴款、拨款关系并按规定向财政部门上报决算的其他单位。按照决算综合反映预算执行情况的要求，编报内容包括预算单位的全部收支情况，编报口径与财政预算相衔接并协调一致。决算报表由主表、附表和补充资料表构成，主表部分包括部门收入支出决算总表、基本建设类收入支出总表、行政事业类收入支出总表、行政事业类收入支出决算表、行政事业类收入支出决算明细表、行政事业类项目支出决算表、行政事业类项目支出决算明细表、行政事业类财政拨款收支决算表、行政事业单位资产负债简表；附表部分包括纳入预算管理的政府性基金收支分项目明细表、财政性资金国库集中支付拨款备查表、事业单位事业基金增减变动情况表、事业单位专用基金增减变动情况表、固定资产情况表、基本数字表、人员和机构情况表、学生学员统计表、行政事业性收费和政府性基金等收入情况汇总表、行政事业性收费情况明细表、预算外资金收支情况表、基本建设资金一般预算拨款明细表。
  四、地方财政平衡
  1989年5月，省政府办公厅批复，同意省财政厅《关于采取措施扶持财政收入重点县培养财源，增加收入的报告》，决定1989－1991年，每年安排6000万～7000万元财政周转金，不收占用费，借给23个市县短期周转，用于支持发展生产，培养财源，增加财政收入。对收入超过奋斗目标，并且当年实现财政平衡的县，给予奖励。
  1990年10月，执行国务院《关于认真抓好增收节支工作，确保完成国家预算的通知》。11月，省财政厅召开全省扭转财政赤字工作座谈会。23个财政赤字县分管财政工作的县长、财政局长和7个地市的财政局长、预算科长参加会议。围绕扭转财政赤字议题，总结交流加强县级财政建设，缩小财政赤字等方面的经验，分析产生财政赤字的原因，探讨扭转财政赤字的对策。
  1991年12月，省财政厅发出《“八五”期间乡镇财政收入目标和扶持意见的通知》，每年安排6000万元财政周转金，重点扶持财政收入50万元以下和500万元以上的乡镇，对完成目标任务，实现当年财政平衡的乡镇，给予奖励。
  1992年11月，省财政厅发出《关于进一步扶持贫困县、边界县财政经济发展的通知》，从对省定的贫困县、乡的能源交通基金和预算调节基金暂予免征，对外地单位、企业、个人到省定边界县投资新办的企业，免征所得税3年，生产性外商投资企业从获利年度起2年免征，3年减半征收企业所得税。在县与县之间开展财政“支、帮、促”活动，财政收入亿元县同2000万元以下县挂钩，选择18个县签订对口支持责任书，富县帮穷县，在资金、技术、劳动力、管理、投资环境等方面进行优势互补，加强协作，共同发展。
  1993年，省财政厅建立县（市）扭转财政赤字状况报告制度，对实现平衡的县（市）给予表彰，并分别对连续五年实现财政收支当年平衡、连续5年实现财政收支滚存平衡、1992年当年结余在500万元以上和1000万元以上的县、市给予分档奖励。
  1994年6月，省财政厅召开全省财政挂钩协作经验交流会议。选择财政收入亿元以上县与3000万元以下的县结成26个对子，激励各地市县发展经济，实现财政收支平衡。10月，省财政厅公布《关于财政收入增收提奖办法》，设置增收奖、控制支出奖、平衡奖和结余奖等奖励项目。
  1995年9月，省财政厅发出《关于抓好年前增收节支工作，确保实现全年财政收支平衡的通知》，要求当年平衡有困难的县（市）采取措施，从预算外调人资金确保平衡；滚存赤字县要制订消除滚存赤字的年度计划，力争在3年内消灭滚存赤字。当年，全省9个地市均实现财政收支平衡。
  1996年，省财政厅建立过渡期转移支付制度，建立以保障各级政府工资发放为初级目标的纵向财政转移支付，调节县（市）间的财力差异，缓解基层财政运行压力，确保基层财政正常运转。加强税收征管，零星税收增长快。是年个人所得税收入突破10亿元。全省财政收入超亿元县（市、区）达到49个，占省内县（市、区）总数的56％。
  1997年12月，省政府颁布《福建省进一步促进开发区发展的若干规定》，开发区管理委员会建立一级财政、一级金库，实行独立的预决算体制。省财政建立开发区建设周转金，从1998年起，每年在预算中安排2000万元，一定5年，用于支持开发区的基础设施和重点项目建设，扶持开发区发展。
  1998年8月，省财政厅发出《关于抓好第四季度财政增收节支工作，确保实现全年财政收支平衡的通知》，以扩大投资、刺激内需为契机，关注房地产、基础设施、建材、水泥以及商业等新的收入增长点，将潜在的财源、税源变为现实的财政收入；优化财政支出结构，确保全年财政收支平衡。
  1999年10月，省政府办公厅转发省财政厅《关于对财政困难县实行指导监督的暂行办法》，指导帮助财政困难县做到量入为出，收支平衡，并建立财政平衡情况上报制度。
  2000年7月，省财政厅印发《福建省2000年财政转移支付办法》，建立奖励性转移支付，调动增收积极性。
  2001年，建立当年预期财力增长指标，激励各地控制财政供养人口和组织财政收入。
  2002年9月，省财政厅发出《加强预算管理确保财政收支平衡的紧急通知》，通过体制微调和完善一般转移支付制度，一般转移支付一定5年不变，提高县（市）财力比重，增强县级财政实力，基本保障县、乡两级在编人员工资的发放和基层政权正常运转。
  2004年，建立中央与福建共同负担的出口退税新机制。省级财政对全省出口退税超基数部分实行“省级承担，分级退库，年终清算”的办法，缓解市县财政压力。
  2005年，实行稳健的财政政策，执行中央以奖代补政策，完善转移支付办法，下达缓解县乡财政困难转移支付补助资金，调动县市财政增收节支积极性。继续实行出口退税省级负担机制。出台优惠财税政策，培植财源。采用区别对待，分类推进的办法，加大对不发达地区的政策倾斜支持力度，推进各地区协调发展，确保全省财政收支平衡。
  1989年，全省的金库组织机构按财政管理体制设立，原则上一级财政设立一级金库。财政预算收入分中央预算固定收入、地方预算固定收入、中央预算与地方预算分成收入三种。地方预算收入在各级预算之间的划分，分为上级预算固定收入、本级预算固定收入、上级预算和本级预算分成收入三种，按地方财政管理体制规定执行。预算收入库款的退库，按预算收入的级次办理。各级财政性资金账户主要有：财政部门在中国人民银行开设的国库存款账户，用于记录、核算和反映财政预算资金和纳入预算管理的政府性资金的收支活动；财政部门在商业银行开设的各类财政专户，用于记录、核算和反映财政预算专项资金和预算外资金的收支活动；各级预算单位在商业银行开设的多种银行账户，用于记录、核算和反映各级预算单位对财政性资金的具体收支活动。
  1990年1月，执行财政部、中国人民银行发布的《中华人民共和国国家金库条例实施细则》。人民银行福建省分行设国库经理分库，一般配备5～13人；省辖市和成立一级财政的地区分行经理中心支库，一般配备3～9人；县（市）支行经理支库，一般配备2～5人。各级国库的主任由各级银行行长兼任。在不设中国人民银行机构的地方，国库业务由中国人民银行委托当地专业银行办理。4月28日，执行财政部、中国人民银行印发的《关于乡（镇）国库工作试点的意见》。在各地市各选择一个县进行乡（镇）国库工作试点。
  1992年12月，中国人民银行福建省分行、省财政厅联合颁发《乡镇国库代办处管理暂行办法》，规定设立乡镇国库代办处的条件为：经济比较发达，乡镇财政收支数额较大，财政预算管理体制比较完善，工作基础较好，财政、银行、税务部门关系比较协调，以及所在县（区）的支库机构健全，人员充实，至少要有2人以上专职人员的乡镇，原则上应设立代办处。需要设立代办处的乡镇，由所在的县财政局和人民银行提出申请，地市财政局和人民银行分行负责核实审批，并报省财政厅和人民银行福建省分行备案。
  1999年8月，执行中国人民银行、财政部、国家税务总局《关于国库与财政、征收机关对账办法的通知》，即国库与财政、征收机关每月对账一次，年终总对账一次。
  2001年10月，省财政厅下发《关于全省国库统一支付工资有关问题的通知》，规定县级以上财政供给的机关、事业单位编制内在岗人员和离退休人员享受中央和省统一出台的工资调整待遇，在当年12月31日前全部实行国库统一支付。11月，省政府转发国家财政部、中国人民银行《财政国库管理制度改革有关文件的通知》，决定从2002年开始，省级对省水利厅、科技厅、财政厅、法制办等单位进行改革试点。
  2002年7月，省财政厅、人民银行福州中心支行印发《福建省省级单位财政国库管理制度改革试点资金支付管理办法》，规范省级单位财政国库管理制度改革试点单位的资金支付管理。
  2003年，推广国库会计核算系统（2.0版）、国库收支统计分析系统和财税库行横向联网系统，构筑国库业务高速运行平台，并建立健全国库岗位责任制和各项规章制度，强化监督机制，完成国库会计核算系统（2.0版）从2.0.1升级到2.0.9的工作。省各级国库系统从凭证录入到报表编制实现规范化，并实现省分库一中心支库一县支库数据传送的快捷、准确。省内各级国库适时办理中央与地方共享收入的分成、预抵税收收入的返还、上解等工作，保证中央和地方各级收入足额并完整入库。当年共收纳报解各级预算收入703.38亿元，其中中央预算收入144.13亿元，地方级预算收入559.25亿元。办理预算支出563.08亿元（含调拨支出）。针对2003年发生的“非典”疫情，福建省国家金库对安排的抗“非典”疫情资金拨款，做到随到随拨，保证各种款项和预防措施的到位，防患于未然。为全省各级国库开设的财政预算内、外及专项存款账户计付利息4350.1万元，改革历史上财政资金存款不计息、付款不收费的管理办法。