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（一）会计基础工作
  部门预算单位：截至2005年底，全省气象部门预算单位共84个，其中二级预算单位1个，三级预算单位18个（含省气象局会计核算中心），四级预算单位有65个。
  会计适用制度：1997年12月之前，各预算单位会计核算执行财政部制定的《事业单位预算会计制度》。1998年1月1日起，执行财政部发布的《事业单位会计制度》。
  1997年10月，省气象局计财处下发《关于会计证管理及有关事项的通知》，明确今后省气象局不再验证和颁发各地（市）、县气象局的“会计证”，各单位财会人员申请“会计证”可直接到所在地财政部门办理。
  1998年6月，省气象局转发财政部制定的《会计基础工作规范化管理办法》，并对各单位贯彻该办法提出具体要求。
  2001年8月，省气象局下发《关于加快我省气象部门会计电算化管理工作的通知》，明确各市气象局和省气象局各直属单位从2002年1月1日起，都要应用“安易会计软件账务系统”进行电脑记账，用电脑处理、核算本单位经济业务事项。
  2002年7月，省气象局制定《福建省气象局省级专项经费申报与使用管理的规定》，控制非预算资金支出，缓解经费困难，确保气象工作正常运行。11月，省气象局下发《关于进一步加强会计基础工作规范化的通知》，要求各单位开展会计规范化工作检查以及加强会计机构与队伍建设。
  2003年10月，省气象局下发《关于进一步加强会计基础工作的通知》，要求各单位按照《中华人民共和国会计法》的要求，切实承担起单位法人责任，克服“重要钱、轻管理”的思想，加强财务机构和会计队伍建设。
  （二）预算财务管理
  1.预算决算管理
  1991—1996年，气象事业经费预算实行“定额管理，全额包干，结余留用，超支不补”的管理办法。
  1997年，根据事业单位财务制度改革的精神，国家对事业单位采用“核定收支，定额或定项补助，超支不补，结余留用”的预算管理办法。
  1999年，根据财政部《关于对中央级事业单位离退休经费实行归口管理有关问题的通知》，划转全省气象部门离退休人员经费253.6万元，相应核减福建1999年气象事业费预算指标。
  2000年开始，事业单位实行中央部门预算改革，“一个部门一本预算”，将单位的各项收支都统一纳入一本部门预算中进行编制。部门预算编制要做到合理安排各项资金，本着“一要吃饭，二要建设”方针，保证重点，兼顾一般，优先确保支出重点。充分考虑部门或单位事业发展和完成部门或单位职责任务的需要，合理安排各项支出。
  2002年，事业经费一律划分为基本支出和项目支出两部分。
  2003年，省气象局制定《关于下发基本支出财政补助定额暂行标准的通知》。对各单位的基本支出预算原则上按定员定额管理，基本支出的安排要优先安排人员基本工资和国家规定的各种津贴补贴，优先安排离退休人员的离退休费，优先保证机构正常运行所必需的刚性支出以及完成部门或单位职责任务所必需的支出；项目支出按轻重缓急顺序排队，优先安排的是关系到气象事业发展的项目。支出预算原则上通过项目库滚动管理。1月1日，按照科技部、财政部、中央编办《关于对水利部等四部门所属98个科研机构分类改革总体方案的批复》精神，将省气象科学研究所由科学事业单位划转为气象事业单位。根据中国气象局《关于划转科学事业费预算指标的通知》，核减福建“科学事业费”预算指标93.4万元，同时分别增核“气象事业费”预算指标55.9万元；“农业等事业单位离退休经费”预算指标37.5万元。3月，省气象局转发中国气象局《关于进一步加强预算管理的通知》。该通知主要内容包括：严格遵守预算编制的各项规定，确保预算的约束力和严肃性。
  2004年9月，省气象局转发财政部关于加强政府非税收入管理的通知。要求各单位按照深化收支两条线管理改革的要求，将政府非税收入纳入部门预算管理。12月，省气象局设立“福建省气象事业发展基金”，并制定《福建省气象事业发展基金管理规定（试行）》。该项基金来源从省级创收项目收入中提取。
  2005年6月，省气象局计财处制定《福建省气象部门年度决算报表评审办法（试行）》，下发各预算单位执行。12月，省气象局计财处转发中国气象局《关于加强资金管理工作的通知》，要求全省气象部门各级单位认真遵照执行，确保本单位财政资金的安全有效和正常运转。
  2.预算外资金管理
  1991年12月，省气象局根据国家气象局、财政部关于开展专业有偿服务收费及财务管理等相关规定，制定《福建省气象部门专业有偿服务收费及其财务管理试行办法》，内容包括：服务的性质和目的；服务的项目；服务收费的范围、原则；服务收入的成本构成和计算；服务收入的分配和使用；服务收入的管理和监督。
  1992年，根据省财政厅、省审计厅《关于预算外资金实行财政“专户储存”管理有关事项的通知》，1992—1997年全省气象部门将预算外收入纳入地方财政专户，实行预算外收支两条线管理。11月，针对部门气象专业有偿服务收入是否能挂靠科协或执行科协的财务管理办法问题，省气象局下发《关于明确气象专业有偿服务收入应纳入单位财务管理的通知》，强调不得将气象专业有偿服务收入转入其他任何单位。
  1998—2001年，气象部门按照中国气象局制订的《气象部门预算外资金管理暂行办法》规定，将预算外收入纳入中央财政部预算外收支两条线管理，实行预算外资金结余上缴管理方式。
  2002年1月1日起，根据财政部、国家计委《关于将部分行政事业性收费转为经营服务性收费（价格）的通知》、中国气象局《关于将气象有偿服务费转为经营性服务性收费（价格）的通知》规定，全省气象部门将有偿服务收入全部转为经营收入，严格按照《中华人民共和国价格法》的有关规定进行管理，并按国家有关规定依法纳税，使用税务发票。
  （三）国库集中支付管理
  2002年开始，省气象局根据财政部的统一部署，加快财政管理体制改革，全面推行国库集中收付制度，气象部门按照“以点带面、积极稳妥、分步实施”的原则，进行国库集中支付改革工作。6月1日起，省气象局二级预算单位先行开展国库集中支付，实行财政授权支付方式试点工作。2003年4月1日起，省气象局机关也被纳入试点工作。2004年7月1日，气象部门所有三级预算单位全部被纳入试点工作。2005年，气象部门已实施国库集中支付改革的预算单位19个，约占预算单位总数的23％。实行财政授权支付的预算单位其所有中央财政性资金的收付，都是按规范的程序在国库单一账户体系内运行。尚未实施国库集中支付改革的四级预算单位仍采用划拨资金方式，即由设区市气象局从本单位零余额账户的财政授权支付额度内将资金划拨到所属县（市）气象局。
  （四）银行账户管理
  2002年3月，省气象局根据中国气象局的部署，下发《关于进一步做好气象部门银行账户清理整顿工作的通知》，要求各单位对银行账户的设立及管理情况进行复查，按照有关规定切实做好清理整顿工作。10月，中国气象局下发《关于继续清理整顿气象部门行政事业单位银行账户的紧急通知》，据此，省气象局在全省气象部门作紧急部署，明确提出清理整顿的范围和目的、组织领导、步骤要求以及工作的组织纪律。
  2003年2月，省气象局根据财政部驻福建省财政监察专员办事处的部署，下发《关于进一步做好中央预算单位银行账户专项检查及报批工作的通知》。该通知主要精神包括：银行账户专项检查的内容、步骤、处理原则，银行账户报批要求。12月，省气象局转发中国气象局《关于气象部门预算单位银行账户管理暂行办法》。
  2003年10月，省气象局按照财政部等四部委《关于中央预算单位银行账户管理暂行办法》的规定，将单位所有银行账户纳入财务部门统一管理。
  2004年3月，省气象局组织对部门内中央预算单位银行账户进行全面清理、整顿。通过清理整顿，保留银行账户162个，其中，基本存款账户88个，基建存款账户17个，房改类账户12个，党费工会账户45个。以上开设的账户，全部符合《中央预算单位银行账户管理暂行办法》的有关规定。11月，省气象局根据财政部驻福建省财政监察专员办的部署，组织气象部门对预算单位银行账户进行年检。
  （五）政府采购
  2001年起，省气象局所属各预算单位严格按照《中华人民共和国政府采购法》，将中央、地方财政资金及单位自筹资金分别纳入中央或地方政府采购，并按采购目录，编制政府采购预算。
  2005年12月，经中国气象局批准，省气象局推荐的政府采购评审专家人选李麟、陈自力，确定进入“气象部门政府采购评审专家库”。
  （六）财务监督检查
  1991年3月，省气象局开展治理乱收费、乱罚款和乱摊派工作。清查整顿范围主要是行政事业性收费项目。清查整顿的步骤分为自查、复查和重点检查、审核处理、建章立制四个阶段。11月，省气象局组织开展税收财务物价大检查。此次大检查的范围为各单位1991年发生和1990年发生而未检查纠正的违反财经法纪的问题，对1988—1989年财务大检查中发现但尚未完全处理的各项违纪问题也一并进行检查和处理。大检查采取以自查为主与重点检查相结合的办法进行。自查面达100％。通过财务大检查，个别单位存在的一些如拖欠借支公款、对医药费开支管理不善等问题得到及时纠正。
  1992年10月，省气象局组织开展1992年气象部门税收财务物价大检查。大检查分为单位自查、重点检查和总结整改三个阶段。全省气象部门78个预算单位普遍进行自查，自查面达100％。从检查情况看：绝大部分台站能够遵守财经纪律，按财务制度办事，没有发现重大违纪问题，一些台站还受到地方审计部门的表扬。但个别单位也存在纳税观念淡薄，固定资产管理较差，购买专控商品未经审批或先购买后办手续等问题。通过检查，上述问题得到整改。
  1993年5月，省气象局根据省委、省政府关于减轻农民负担工作的要求，对专业服务收费的有关文件进行清理。9月，省气象局组织开展1993年气象部门税收财务物价大检查。
  1994年11月，省气象局组织开展1994年气象部门税收财务物价大检查。此次检查内容包括：在普遍检查各单位执行国家税收、财务、物价等法规情况的基础上，重点检查：综合经营和气象专业有偿服务的财务收支；各类专项资金的财务收支；公款私存，将账内资金转为账外资金，私设“小金库”；采取非法手段，将国有资产转为集体或个人所有，将预算内资金转为预算外资金；擅自购买专项控制商品。经过检查，气象部门共查出违纪违规或有问题金额44.23万元，大部分已经得到纠正。
  1995年6月，省气象局开展清理检查“小金库”工作。清查“小金库”单位92个，自查面达100％。清理检查出“小金库”金额7.1万元。11月，省气象局开展1995年气象部门税收财务物价大检查。共有91个单位（包括公司企业等实体）进行自查，自查面达到100％。在自查的基础上，共抽调22人组成10个小组，对38个单位进行重点检查。经过检查，气象部门共查出违纪金额7.81万元，大部分已经得到纠正。
  1996年3月，省气象局根据中国气象局的部署，组织开展部门财务清查和整顿会计工作秩序。气象部门应自查单位92个，全部进行自查。在自查基础上，省气象局分别对8个地（市）、6个直属单位进行重点检查。6月，省气象局根据财政部等5部门及中国气象局的部署，组织开展清理检查预算外资金工作。12月，省气象局组织开展1996年气象部门税收财务物价大检查。主要检查1996年发生的，以及1995年发生但未检查、未纠正的各种违反财经法纪的问题。共检查出违纪金额8.8万元。
  1997年11月，省气象局组织开展1997年气象部门税收财务物价大检查。主要检查1996年10月至1997年度财务收支中违反财经法规的问题。
  1999年5月，省气象局根据中国气象局部署，组织开展清理整顿财政周转金和部门有偿使用资金工作。8月，省气象局根据中国气象局的部署，组织对气象事业费预算执行情况进行检查。重点检查1998年气象事业费使用情况，包括预算的编报和执行及具体支出情况。
  2001年4－7月，省气象局开展《中华人民共和国会计法》执行情况检查。检查工作分为单位自查、重点检查、巡查验收三个阶段，对检查中的问题进行整改。
  2003年3月，省气象局要求各单位应对2003年的会计基础工作进行一次全面检查。
  2004年4月，省气象局转发中国气象局《关于进一步加强气象部门支出管理有关问题的通知》，并结合福建实际，要求各级预算单位加强预算与决算制衡观念，增强财务管理和监督；对预算执行情况开展自查自纠；同时，要求严格执行省气象局下达的预算和项目计划，不得擅自改变资金用途和挪用专项资金，以及无故拖延工程项目进度，加强项目工程质量监督，确保投资项目发挥效益。7月，省气象局根据中纪委的部署以及财政部的统一要求，组织全省气象部门开展用公款为个人购买商业保险的清理登记工作。8月，省气象局按照中国气象局的部署，组织对部门党政领导干部拖欠公款进行清理。此次清理工作的主要对象包括：省气象局机关全体在职人员、各直属单位副科级以上干部、各市气象局副科级以上干部和各县气象局领导班子成员。通过汇总各级气象部门上报的材料，没有发现各级党政领导干部拖欠公款或利用职权将公款借给亲友的问题。10月，省气象局根据中国气象局的部署，开展气象部门财政预算结余资金专项检查。82个预算单位全部进行自查。省气象局在各单位自查基础上对南平、莆田市气象局进行重点检查。
  2005年5月，省气象局发出学习贯彻《财政违法行为处罚处分条例》的通知，要求各单位组织好《条例》的学习宣传和培训±作，以贯彻实施《条例》为契机，进一步加强财务管理，全面推进依法理财。6月，省气象局计财处再次开展清理党政领导干部拖欠公款工作。根据各单位材料反馈，气象部门各级领导干部不存在拖欠公款问题。