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1991－1998年，省气象局继续执行1983年10月国家气象局下发的《气象科学技术研究管理办法》，并制定相应的管理细则，对气象科研计划、经费、成果以及成果的推广应用等进行管理。
  1998年10月，省气象局下发《气象科技管理办事程序和规则》，对课题的申报、课题的进展，成果鉴定（验收）和登记、科技成果奖励等办事的程序，上报的时间，填写的表格，报送的材料及相关的规则作出具体的规定。
  2003年8月，省气象局执行国务院办公厅转发的科技部等四部门《关于国家科研计划实行课题管理的规定》，并制定了《福建省气象局科研计划实施课题制管理的规定》。课题制按照公平竞争、择优支持的原则，确立气象科技研究课题，并以课题（项目）为中心，以课题组为基本活动单位进行课题组织管理和研究活动。省气象局科研管理实行归口、分类管理。凡经过省气象局申报批准立项的项目（课题），均由省气象局科技主管部门负责管理，履行管理、指导和监督职能。科技部、中国气象局、省科技厅、省自然科学基金的项目等，分别按科技部、中国气象局、省科技厅、自然科学基金相关科研项目管理办法执行。
  为配套新的管理办法，省气象局制定了《福建省气象局科研计划课题评审暂行办法》。对科研计划课题评审的原则、评审的具体方式和内容、评审专家的条件及要求和评审的法律责任都作出具体规定。此外，还制定了《福建省气象局开放式气象科学研究基金项目管理办法（暂行）》，鼓励省内外优秀人才参加省气象局开放式气象科学研究工作基金项目的科研工作。
  省气象局除承担中国气象局、省科技厅、科技部项目外，还承担发布气象部门科研指南、组织科技人员申报，组织专家评审，经省气象局领导审批后，签订课题合同书正式立项，以及课题执行情况检查。
  （一）发布项目指南
  省气象局科研管理部门每年组织项目申报前，必须根据中国气象局科研计划，部门预算项目指南、省气象局气象事业发展规划、省气象局科研计划和科研经费情况，发布项目指南。对于气象行业，灾害性天气预报、监测、服务，一直是气象工作的核心内容，对于灾害性天气的种类（台风、暴雨、强对流、干旱、低温等），产生灾害的机理、预报的尺度（长期、中期、短期、短时预报）、预报的方法（数值预报、常规预报）以及新的探测和服务手段是气象科研指南的重点。同时，还要根据气象服务面的拓展而增加新的研究指南内容。待个人或单位申报后，组织有关专家（包括技术、财经、管理等方面）评议，最后由省气象局审批。
  各年项目指南的重点是：
  1991－1993年度：暴雨、天气预报专家系统、短时天气监测和预报、利用气象卫星遥感资料为农业服务。
  1995—1996年度：气象业务现代化建设、新一代天气预报流程，多普勒雷达回波资料应用、突发性暴雨量级与落区预报。
  1997—1998年度：中尺度灾害性天气预警系统研究、闽台地区中尺度天气系统与台风试验研究、短期气候预测、农业气象灾害专家系统。
  1998—1999年度：新预报技术和方法应用、数值预报产品的释用、预报逐级指导技术（省一地、地一县）、作物产量预报。
  2000年度：应用天气雷达、卫星云图、自动雨量站作短时定量降水预报、极轨卫星对森林火险监测、推广灾害性天气、短时气候预测方法。
  2001年度：应用非常规资料作短时定量降水预报、城市气象服务项目、防雷技术。2004年度：海洋天气监测、预报技术、人工影响天气、成果推广应用。
  2005年度：精细化天气预报、服务新技术新方法，人工影响天气作业技术及效果评估方法。
  （二）立项
  1991—2005年，省气象局承担的课题项目（包括省气象局立项）总数为327项，投入经费约583万元。
  （三）计划检查
  项目实施阶段，为检查各承担单位执行情况，要求项目负责人每年12月底前向省气象局科研管理部门提交项目年度进展情况报告和经费使用情况报告。属科技部、中国气象局、省科技厅的项目，由省气象局科研管理部门统一上报有关单位。省气象局科研管理部门和课题承担主管单位还对课题执行情况进行不定期检查，对于执行中出现的问题，及时予以调整。
  1996年，省气象局科研管理部门印发《关于报送1996年气象科研执行情况和部分课题催报验收的通知》。各单位承担的各部门课题要报送《执行情况表》，对超期的课题立即结题准备验收。
  2001年，省气象局科研管理部门对课题执行情况进行检查。检查结果显示，大部分课题能按课题合同要求进行，年度已验收课题20项，正在验收10项。省气象局承担的10个重点项目（科技部、科技厅、中国气象局的课题）有7项能按计划进行，有3项须延期验收。省气象局77项课题中有57项能按原计划完成，其余只能部分完成或无法完成。部分课题因课题负责人另有任务，或因实验客观条件不具备，或因实验条件发生变化等，无法按计划完成课题任务。