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1997年以前，农业执法工作由畜牧、种子、植保、土肥、农机等专业机构分别承担，并负责相应执法队伍建设的指导工作。1997年省农业厅政策法规处成立后，把工作重心转到成立综合执法机构，组建综合执法队伍，推进综合执法上来。1997年10月，省农业厅印发《农业行政执法证件申领管理规定》。1998年初，开始在少数地方探索开展农业行政综合执法工作，甫田市农业局在全国第一个成立市级农业行政执法支队。同年根据农业部发布施行的《农业行政执法证件管理办法》、《关于做好〈中华人民共和国农业行政执法证〉申领和发放工作的通知》和福建省人民政府发布施行的《福建省行政执法资格认证和执法证件管理办法》要求，实行执法资格制度，明确所有执法人员都必须参加全省行政执法资格考试，取得资格证后方可办理执法证，并持证上岗。是年，全省共有农业执法人员4500多人，其中农业综合执法机构专职人员483人。1999年，福建省被农业部确定为全国5个开展农业行政综合执法试点省份，省农业厅在全省确定莆田、漳州、三明3个地（市）和武夷山市、同安区、仙游县、云霄县、福安市、永安市、福清市、将乐县、漳浦县9个县（市）作为省级试点，并制定了《福建省农业行政综合执法试点工作实施方案》，提出“省组建农业执法总队、地（市）组建农业执法支队、县（市）组建农业执法大队”的意见。1999年至2000年上半年，农业综合执法体系工作重点放在“成立机构，开展工作”，50％的市县综合执法机构是在这一时期挂牌成立的。2000年2月16日，省编办批准成立福建省农业执法总队，7月25日，在福州召开成立大会。
  从2000年下半年开始，工作重点放在“规范行为，提高水平”。9月，省农业厅出台《福建省农业执法体系建设试行方案》，提出采取“职能分步划转，工作先易后难”的办法确定执法队职能。原则上将对种子、食用菌、农药、肥料、兽药管理等行政处罚划转由执法队负责，农机监理、农经、农民负担、种畜禽管理等由原机构负责，法律、法规授权事业组织执法的动、植物检疫的执法主体不变。条件成熟的地方，可以相对集中行政许可等其他执法职能。
  2001年，在全国率先提出并开始实施农业执法体系“五有”规范化建设目标，一是要有相对独立的农业综合执法机构，并经当地机构编制部门批准；二是要有与执法工作任务相适应的一定面积的办公场所，一般不少于50平方米；三是要有专职执法人员，一般不少于5人；四是要有专门的执法手段，包括执法车辆、通讯设备、摄像（照相）器材、简易的检测工具等；五是要有规范的监督管理制度，包括公开执法依据、办案程序、岗位监督栏和执法人员管理制度，以及违法行为立案申报、重大案件报告备案、错案责任追究等各项制度。省内先后选择32个县（市）作为农业部和省级示范点，按照“五有”标准，开展定量考核、定性管理。当年，全省39％的综合执法机构达到“五有”标准。“五有”规范化建设得到农业部的肯定和省外同行的赞同，国内有十多个省在参照实施。
  2001年12月，省农业厅印发了《福建省农业执法人员培训规定》，进一步明确分级培训原则，严格培训标准，强化培训要求。明确每个执法人员每年专业培训不少于40学时。省农业厅每年举办全省农业行政执法骨干人员培训班一期，组织农业执法人员参加农业部执法培训2～4期，指导市、县加强农业执法培训。
  2002年9月，出台了《关于深化农业执法体制改革，加强执法体系建设的意见》，把工作重点转到“提升水平、规范管理、完善制度、提高素质”。2005年底，全省9个设区市和76个县（市、区）全部成立了农业综合执法机构，其中88％的机构经当地编委批准，形成了“省总队一市支队一县大队”的机构框架，40％的执法机构配备了专用执法车辆，61％的执法机构配备了摄像机、照相机等现代化取证设备，基本建成了农业执法体系。