運輸業的課稅是比較複雜的。就營業性質來說，有的是屬於交通運輸業，有的是轉運報關業；前者中的鐵路、郵電、航空營業稅稅率是百分之一·五，輪船、駁船、木船、汽車、人力畜力車運輸、裝卸業的營業稅稅率是百分之二，報關轉運業則是百分之五；同時有的運輸業自己有交通工具，有的沒有；在收益方面，一部份是包收包付，一部份是代客支付，甚至還有彼此託運，分段計算的；這樣，在課稅上就不能不按具體情况分別處理。
   由於運輸業的交通工具行駛各地，因此首先要明確的是運輸業的營業行爲所在地，根據法令解釋，運輸業以裝貨搭客地爲營業行爲所在地；座商運輸業經營地區均設有總分支機構者，一律由營業行爲所在地之總分支機構分別就地按期報繳營業稅；座商運輸業到未設分支機構地區經營業務者，應先向原地稅務機關請領座商證明書，發生營業行爲時，向營業行爲所在地稅務機關交稅，如當地無稅務機關時，應向運經第一道稅務機關交稅；未經座商登記的運輸業，發生營業行爲時，向營業行爲所在地稅務機關交納臨時商業稅，如當地無稅務機關時，應向運經第一道稅務機關交稅。
   其次，自己有交通工具的運輸業，其營業稅按全部營業收益額課稅，這是很明顯的；至於自己沒有交通工具而係採取包收包付制者，是否可以減除其直接運費（如火車費、輪船費）而按報關轉運業課稅呢？根據稅法規定是不可以的，仍應按全部營業收益額，依運輸業稅率百分之二計征；如輪船公司接受同業委託，代理進出口，所有通訊、報關、代辦船用燃料物資及其他手續等業務收益，可按報關轉運業稅率百分之五課征營業稅。
   輪船公司彼此託運，怎樣課稅呢？中央稅務總局解釋：凡訂有合同，運銷路程均有統一之依據可以預計分撥的運費數額者，其運費之總收分撥，可各按其應分得的運費數額報交營業稅，惟付出分撥之運費，應取得轉運公司的證明，如事後不能提出證明者，仍應按全部總收運費補交稅款並酌收滯納金。如事先不能確定分段運費之數字，輪船公司應按全程運費總額計征，委託轉運時，受託單位應另照分段運費，就地交納營業稅；如果預計分撥的運費，在實際交付時，因故發生了差額（指輪船公司根據運價、路程、預計分撥之運費數額與接受託運公司之規定價格發生之差額），以及所收的轉口費用（指收作代客支付，在轉運地之一切費用），均應按收益交納營業稅。
   （楊覺農）