第十三集危急之际,吴六一率军赶到,与班布尔善展开血刃。康熙走出大殿上朝,令遏必隆审理鳌拜案件,并令在魏东亭身边的卧底现身,称赞魏东亭是忠臣。康熙在荒郊野外巧遇行痴大师,行痴请康熙查看他在北方种水稻的试验,并说秋日即可收获,对康熙谆谆教诲。分别之后,苏麻喇姑说行痴重病染身,将不久于人世。康熙欲重用伍次友,但伍次友留下一封国策信飘然而去。康熙深受震动,将警句书于大殿椽上。孝庄皇太后欲将苏麻喇姑许给康熙,苏麻喇姑十分痛苦,闭门不出。
第十四集面对不从的苏麻喇姑,孝庄皇太后下旨给她新建一座尼姑庵,让她永久居住,带发修行。朝政之上,康熙让念朱国治上奏的弹劾吴三桂之折,群臣沉默;后又让念吴三桂上奏的弹劾朱国治之折,诬陷朱国治拥兵自重,割据一方。康熙安抚了留在京城做人质的吴三桂之子吴应熊后,决定召“三藩”晋京。吴应熊连夜给吴三桂去信,叫他把朱国治押送京城刑部审理,以免康熙猜疑。吴三桂令朱国治以钓鱼决定生死,如果朱国治先钓上鱼,则可押送京城,否则,在滇斩绝,结果朱国治垂钓成功。在京郊小店,朱国治与周培公相遇,相谈甚畅。康熙接见了福建、广东二藩和代表吴三桂的吴应熊,对他们进行安抚,并斥责俄国使臣。
第十五集康熙来到狱中,欲杀朱国治,并说杀他并非因他诬陷吴三桂,而是为给国家争取两年稳定,以后定当给他昭雪,子孙受封。朱国治慨然赴死,康熙却下令释枷,说杀忠臣自己岂非昏君?并下旨命朱国治为云南巡抚,以牵制和监视吴三桂。朱国治想起用周培公。周培公流落街头,卖字为生,并在自己的老师伍次友写给康熙的推荐信的背面为一冤女写了诉状。吴应熊行贿索额图,请他疏通皇太后,吴向孝庄表忠心。孝庄皇太后提醒康熙平“三藩”不要操之过急,吴三桂年事已高,等他病故之后,再削“三藩”为妥。朱三太子密使、太监黄敬企图劝说吴应熊一同谋反,并说朱国治和朱三太子已到云南。广东、福建二藩往访吴三桂,共同商议撤藩之事。
第十六集三藩正商议撤藩之事时,假称朱三太子的杨起隆来访,鼓动“反清复明”,被吴三桂拿下,后又被吴三桂故意放走,以便利用他对付朝廷。吴三桂向朝廷修书一封请辞,背后又大动军事。康熙南巡,驻扎在户部尚书陈廷敬的老家山西阳城皇城村。为体察民情,康熙分三路行进,在皇城村汇集。康熙召集当地文武百官训话,纵谈天下大事。魏东亭一路探得知府周云龙私通吴三桂,剥削百姓,却被封为廉吏。康熙不知底细,也称赞周云龙为三晋楷模。杨起隆在附近聚众宣教,企图谋反,魏东亭一路监视。山西重臣王辅臣欲晋见康熙,但晋见名单上并没有王辅臣,王被拒绝入见。魏东亭禀报吴三桂在晋势力很大,并说周云龙是吴三桂的亲信,恶贯满盈。
第十七集康熙将错就错,令魏东亭查实情况,处死周云龙,然后再给哀荣。王辅臣晋见康熙,康熙对他晓之以理,并封他为山峡大将军,统领军队,他的儿子留京陪侍。康熙下旨给明珠,索额图准备廷议撤藩之事。康熙在朝廷上痛斥“三藩”之弊,说“三藩”开支已占国库支出的一半,“三藩”之力足可敌国。赫舍里怀上龙胎,孝庄皇太后满心欢喜。索额图说应安抚吴三桂,不应撤藩,明珠、陈廷敬则力主削藩。康熙痛下决心,朝廷只准议论如何撤藩。吴应熊向孝庄皇太后陈述今天朝政就是商议如何撤藩之事,孝庄大惊,怒斥康熙,康熙力陈“三藩”已成清朝大患。孝庄提醒康熙对吴三桂并不真正了解,只能缓治“三藩”,康熙表明心意,决不改志,孝庄气昏过去。杨起隆召集各地教会首领,商议谋反大计,并径直拜访吴应熊劝反。
第十八集吴应熊修书吴三桂,说明康熙已决定撤藩,但内部仍有歧异。新任云南巡抚朱国治拜见吴三桂,宣读康熙同意吴三桂请辞的圣旨。吴三桂表面尊旨,并处斩拒不同意撤藩的下属。周培公露宿寺庙,在冤女卖豆腐处巧遇康熙。康熙看了冤女诉状,发现背面却是伍次友对周培公的推荐信,便邀周培公到茶馆一叙。周培公向康熙叩拜,表明知道康熙身份。康熙令北京府衙护送被错抓的冤女回乡申冤。明珠来报,称云南巡抚朱国治奏折已到。折中,朱国治陈述吴三桂撤藩之条件国力根本无法承当。周培公陈述撤藩策略,康熙深入商议撤藩事宜。吴三桂又派人向朱国治恩威并施。